《寄宿日记》是一部暖心日常漫画，讲述因父母工作调动而转学的高中生苏小雨，寄宿在陌生城市一户普通人家中。房东是一对退休老夫妇——爱唠叨却厨艺精湛的周奶奶和沉默寡言却喜欢修理旧物的周爷爷，还有他们养的一只橘猫“蛋黄”。苏小雨最初格格不入，但她在日记中记录下寄宿生活的点滴：周奶奶的拿手菜、周爷爷修好的旧钟表、邻里间的闲话、学校里的新朋友。她渐渐发现，这栋老房子里的每一个物件都藏着故事，而她自己的成长也在这平淡的日常中悄然发生。
蛋黄突然不吃不喝，周奶奶急得满城找兽医。苏小雨请假陪周奶奶，最终发现蛋黄只是吞了线团，手术后恢复。当晚，蛋黄钻到苏小雨被窝里蹭她，像是表达感谢，苏小雨感动地写下：“原来被一只猫信任是这样的感觉。”
周爷爷在修理一只停摆几十年的老座钟时突然沉默，苏小雨从周奶奶口中得知那是他们已故儿子的遗物。苏小雨主动帮周爷爷查找修理资料，两人一起让钟重新走动，钟声响起时，周爷爷第一次对苏小雨说起儿子的事。
苏小雨因不适应新学校，第一次月考失利，躲在房间大哭。周奶奶没有安慰她，而是端来一碗热腾腾的汤面，说“吃饱了再哭”。第二天，苏小雨发现周奶奶在邻居家借来旧课本给她划重点，她暗下决心要考好。
社区举办包饺子比赛，周奶奶拉着苏小雨参加。苏小雨笨手笨脚，却被邻居阿姨们围着教她包各种花边饺子。比赛结束后，大家把饺子送给独居老人，苏小雨意识到，家的温暖不止在屋檐下。
苏小雨在窗台种下从老家带来的花种，却一直不发芽。周爷爷偷偷换了花土并每天浇水，花终于开了。苏小雨看到周爷爷手上沾着泥土，心里涌起一股暖流，她在日记中写道：“这里已经成了我的第二个家。”
父母提前来接苏小雨回国，她要离开这个家。临走前，周奶奶塞给她一罐自制的腌菜，周爷爷把修好的旧台灯送给她。苏小雨在车上翻开日记，最后一页画着周奶奶、周爷爷和蛋黄，她哭笑着承诺一定会回来。